Nie powiodło się koalicjantom także w Holandii, gdzie działał korpus ekspedycyjny księcia Yorku i posiłkowe oddziały rosyjskie. Spodziewane powstanie antyfrancuskie nie wybuchło, więc po kilku niepowodzeniach Anglicy wycofali się w październiku, a żołnierzy rosyjskich wywieźli na wyspę Jersey. Wielka Brytania nie przejawiała chęci dalszego angażowania swych sił na lądzie. To zniechęciło Rosjan i spowodowało wystąpienie cara Pawła z koalicji.
W Niemczech, Karol Ludwik Habsburg zmusił Francuzów pod dowództwem Jean-Baptiste Jourdana do wycofania się za Ren i odniósł kilka zwycięstw w polu, Jourdana zastąpił więc Masséna.
Druga faza wojny W dniu 9 listopada (18 brumeire’a) 1799 nastąpił w Paryżu wojskowy zamach stanu. W jego wyniku Dyrektoriat został obalony, a władza dostała się w ręce Napoleona – pierwszego konsula. Przejął on też natychmiast inicjatywę wojenną, żądając by Austria wycofała się z Półwyspu Apenińskiego. Gdy ultimatum nie zostało przyjęte, Napoleon, po ryzykownej przeprawie wojsk francuskich przez Przełęcz Świętego Bernarda w Alpach (14–21 maja 1800), rozbił siły austriackie 14 czerwca pod Marengo. Następnie Francuzi zajęli Monachium i zagrozili Wiedniowi, stolicy Austrii.