Sekcja koszykówki reaktywowana została w 1948 za sprawą małżeństwa Ireny Kameckiej-Jaźnickiej i Henryka Jaźnickiego – przedwojennych członków koszykarskich drużyn Polonii. W 1951 koszykarze Polonii (wówczas grający jako Kolejarz Warszawa) dowodzeni przez grającego trenera Władysława Maleszewskiego awansowali do I ligi (ówczesny najwyższy poziom rozgrywkowy), a w 1954 zdobyli wicemistrzostwo Polski. Sukces ten powtórzyli w 1957, w składzie z przyszłymi wybitnymi reprezentantami Polski – Januszem Wichowskim i Jerzym Piskunem.
Mistrzostwo Polski i sukcesy w Pucharze Europy W 1959 pierwsza drużyna Polonii Warszawa – wzmocniona rok wcześniej graczami Sparty/Spójni Warszawa zdobyła mistrzostwo Polski. Polonia triumf zawdzięczała przede wszystkim Januszowi Wichowskiemu – królowi strzelców sezonu.
Po mistrzowskim sezonie Polonię opuścił jeden z architektów sukcesu, trener Władysław Maleszewski, który zasilił lokalnego rywala – Legię. W 1960 Polonia w walce o mistrzostwo Polski ustąpiła właśnie Legii i zdobyła wicemistrzostwo.
Brak obrony mistrzowskiego tytułu Polonia powetowała sobie w Pucharze Europy.