Stowarzyszenie zostało założone 14 kwietnia 1989 roku. 24 kwietnia 2014 r. odbyło się uroczyste walne zebranie SNPL, które było poświęcone ćwierćwieczu jego istnienia. Na uroczystej akademii wielu zasłużonych członków Stowarzyszenia, a także kilka innych osób, które przyczyniły się do jego powstania i funkcjonowania, zostało odznaczonych dyplomami honorowymi SNPL. Obecnie do Stowarzyszenia należy sześćdziesięciu członków rzeczywistych, wśród których większość stanowią mieszkańcy Litwy, lecz też są naukowcy zamieszkali w Polsce i Niemczech.
W okresie 1989–1998 funkcje prezesa SNPL sprawował prof. dr hab. Romuald Brazis, w latach 1998-2011 prezesem SNPL był dr hab. Jarosław Wołkonowski, prof. UwB. W roku 2011 prezesem SNPL został prof. dr Bogusław Grużewski. Od maja 2014 r. funkcję prezesa pełni prof. dr Henryk Malewski.