W latach 1994–2002 zasiadał w Radzie Miejskiej Wrocławia. Na Uniwersytecie Wrocławskim pełnił wiele istotnych funkcji organizacyjnych. W latach 2002–2005 był wicedyrektorem Instytutu Historycznego. a następnie od 2005 do 2008 roku sprawował funkcję prorektora ds. badań naukowych i współpracy z zagranicą. Obecnie kieruje Zakładem Historii Starożytnej UWr. Poza tym wykładał jeszcze w Instytucie Dziennikarstwa i Komunikacji Społecznej Wydziału Nauk Społecznych i Dziennikarstwa Dolnośląskiej Szkoły Wyższej.
Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe prof. Krzysztofa Nawotki obejmują zagadnienia związane z ustrojem i społeczeństwem świata greckiego epoki hellenistycznej i rzymskiej oraz z postacią Aleksandra Wielkiego. Jak dotychczas wypromował pięciu doktorów. W 2011 roku został odznaczony Złotym Krzyżem ZasługiPrzegląd Uniwersytecki (Wrocław), R.17 Nr 12 (185) grudzień 2011, s. 13..