Zaprzeczył jednakże wszystkim pozostałym zarzutom. Jego nadzorcą był Alcalde de Cortes, Don Francisco de Arazábal, kawaler Orderu Santiago, który pilnował by więzień nie wyjawiał najskrytszych tajemnic Eskurialu. Żył nadzieją przebaczenia mu win, dopóki nie usłyszał dzwonów oznajmujących śmierć Filipa III 31 marca 1621 r. ¡El Rey es muerto, yo soy muerto también! "Król jest martwy i ja także jestem martwy!" - stwierdził.
thumb|250px|Plaza Mayor w Madrycie
Jednym z pierwszych postanowień nowego panowania było stracenie Don Rodriga (szczególnie zależało na tym faworytowi nowego króla Olivaresowi). Don Rodrigo został oficjalnie oskarżony o morderstwo, czary, korupcję, bezpodstawne wzbogacenie, oszustwo i 239 innych przestępstw. Jego egzekucja odbyła się 21 października 1621 na Plaza Mayor w Madrycie (jako szlachcic został ścięty toporem), wcześniej jednak Siete Iglesias zdołał pozyskać sobie współczucie ludu za sprawą przedwcześnie postarzałego oblicza i ostentacyjnemu pokazywaniu, że żałuje swych czynów. Niezwykłe poświęcenie jego żony również pomogło zmniejszyć nienawiść, jaka narosła wokół jego osoby. Pochowała ona następnie szczątki męża w klasztorze Porta Cœli w Valladolid, którego był swego czasu fundatorem.