Ewolucja Gofferowate wyodrębniły się w późnym eocenie w Ameryce Północnej czy Centralnej. Przynajmniej dwa razy przeszły radiację adaptacyjną, ostatni raz w plejstocenie, i więcej niż jeden raz przystosowały się do fosorialności. Podziemny tryb życia przekłada się na niewielkie zdolności do migracji. Populacje zamieszkujące bardziej oddalone obszary zazwyczaj nie komunikują się ze sobą, co sprzyja oddzielaniu się od siebie aż do wytworzenia odrębnych gatunków. W efekcie do rodziny zaliczane są liczne gatunki.

Systematyka thumb|Goffer równinny Do rodziny gofferowatych należy jedna występująca współcześnie podrodzina (wraz z plemionami i rodzajami): podrodzina: Geomyinae plemię: Thomomyini rodzaj: Thomomys – goffernik rodzaj: Prothomomys – takson wymarły plemię: Geomyini rodzaj: Geomys – goffer rodzaj: Zygogeomys – tuzo – jedynym przedstawicielem jest Zygogeomys trichopus – tuzo leśny rodzaj: Orthogeomys – taltuza – jedynym przedstawicielem jest Orthogeomys grandis – taltuza olbrzymia rodzaj: Heterogeomys rodzaj: Pappogeomys – goffertak – jedynym przedstawicielem jest Pappogeomys bulleri – goffertak stokowy rodzaj: Cratogeomys – gofferowiec rodzaj: Pliogeomys – takson wymarły