„Prawa i Wolności Człowieka i Obywatela”, a także szeregu ustaw federalnych dotyczących tej problematyki.
Od 1990 do 1993 roku był deputowanym do Dumy Państwowej oraz członkiem Prezydium Rady Federacji. Był także Prezesem Prezydenckiej Komisji Praw Człowieka oraz Komisarzem ds. Praw Człowieka w Dumie.
W latach 1993–2003 Kowalow nadal był deputowanym Dumy; od 1996 do 2003 roku jednocześnie członek delegacji rosyjskiej w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy. Od 2004 Współprzewodniczący Rady Biegłych Rewidentów przy Pełnomocniku Praw Człowieka Federacji Rosyjskiej.
W 1993 r. współtworzył ruch, a później partię polityczną pod nazwą Wybór Rosji (Выбор России), przemianowaną następnie na Demokratyczny Wybór Rosji (Демократический выбор России).
Od roku 1994 Siergiej Kowalow, także jako późniejszy doradca Borisa Jelcyna, publicznie sprzeciwiał się militarnemu zaangażowaniu Rosjan w Czeczenii. Z Groznego relacjonował realia I wojny czeczeńskiej. Jego codzienne raporty przekazywane telefonicznie lub za pośrednictwem telewizji, nastawiały rosyjską opinię publiczną przeciw wojnie. W związku z tą działalnością w 1995 został odwołany z placówki decyzją Dumy. W tym samym roku na zlecenie rządu stanął na czele negocjacji z Szamilem Basajewem po opanowaniu Budionnowska, które zakończyły się uwolnieniem ponad tysiąca zakładników.