W 1996 i 1997 roku zespół intensywnie koncertował promując album. We wrześniu 1997 roku Walter opuścił zespół. Piosenka „My Beloved Monster” została włączona do ścieżki dźwiękowej z filmu Shrek (2001).
Electro-Shock Blues Po Beautiful Freak, E był w trudnej sytuacji osobistej. Kilku z jego przyjaciół zmarło, jego siostra popełniła samobójstwo, a u matki wykryto raka. Po pewnym czasie został jedynym żyjącym członkiem swojej rodziny – wszystkie te wydarzenia zainspirowały go do stworzenia nowej płyty Eels, Electro-Shock Blues, wydanej w 1998 roku. W tekstach piosenek, Everett zmierza się z takimi tematami jak samobójstwo, śmierć czy rak. Mimo że sam album jest bardzo mroczny i nawet nie zbliżył się do komercyjnego sukcesu debiutu, do dziś pozostaje ulubionym nagraniem wielu fanów. singiel „Last Stop: This Town” okazał się nieznacznym sukcesem; piosenkę „Cancer for the Cure” użyto na ścieżce dźwiękowej do filmu American Beauty (1999).
Daisies of the Galaxy W 2000 roku ukazał się album Daisies of the Galaxy, lżejszy i weselszy od Electro-Shock Blues zarówno w warstwie muzycznej, jak i tekstowej. Everett powiedział: