Panowanie Muhammada było naznaczone walkami z Bizancjum, które z miernym powodzeniem starało się odzyskać terytoria zajęte przez Daniszmendydów. Po śmierci Muhammada w roku 1142 państwo zostało podzielone pomiędzy jego dwóch braci, Jaghi Sijana (1142–1164) w Sivasie i Ismaila (1142–1152) w Malatyi i Elbistanie wraz z synem Zu an-Nunem (1142–1174) w Kayseri. Po śmierci Jaghi Sijana sułtan Rum Kilidż Arslan II ponawiał interwencje w sprawy Daniszmendydów z Sivasu i Kayseri i ostatecznie przedsięwziął inwazję na ich terytorium. Chwilowo powstrzymała go wojskowa interwencja na rzecz Daniszmendydów teścia Zu an-Nuna Nur ad-Dina w roku 1173, lecz już w roku następnym Nur ad-Din zmarł, co Kilidż Arslan wykorzystał do zajęcia Sivasu i zabicia Zu an-Nuna. W roku 1175 na korzyść Daniszmendydów interweniował cesarz bizantyjski Manuel I Komnen, jednak sułtan Rum pokonał go w roku 1176 w bitwie pod Myriokefalon. Dzięki temu w roku 1178 mógł on zająć terytoria Daniszmendydów z Malatyi, kończąc tym samym dzieje dynastii.