Od 2004 r. w Krakowie corocznie odbywają się Zaduszki Organowe im. prof. Jana Jargonia

Koncerty Koncertował m.in. w Austrii, Bułgarii, Czechosłowacji, Danii, Francji, Hiszpanii, Holandii, Niemczech i na Węgrzech. Brał też aktywny udział w różnych międzynarodowych festiwalach i konkursach muzycznych poświęconych twórczości organowej (im. Johanna Sebastiana Bacha w Lipsku oraz Norymberdze i Pradze), a także w wielu nagraniach płytowych i radiowo-telewizyjnych w kraju i za granicą. W 1971 stał się inicjatorem i współorganizatorem Pracowni Konserwacji Zabytkowych Organów przy krakowskim oddziale PKZ. Jako jej stały konsultant naukowy współpracował przy renowacji kilkunastu obiektów, wśród których znajdowały się najcenniejsze polskie zabytkowe organy w Kazimierzu Dolnym nad Wisłą, Olkuszu, Jędrzejowie). Przy jego udziale i konsultacji dokonano szeregu renowacji zabytkowych instrumentów istniejących w kościołach krakowskich (m.in. Kościół św. Mikołaja w Krakowie, Ojców Paulinów na Skałce, bazylice Mariackiej oraz Ojców Karmelitów na Piasku). Był także autorem wielu projektów założeń brzmieniowych nowo budowanych organów (m.in.