Pierwszy sezon na II szczeblu rozgrywek zawodniczki z Torunia ukończyły na bezpiecznym 6. miejscu.
Sezon 2008/2009 torunianki, podobnie jak rok wcześniej, rozpoczęły bardzo dobrze, jednak wraz z kolejnymi miesiącami forma zespołu spadała. W styczniu 2009 roku zarząd klubu zadecydował o roszadzie na stanowisku szkoleniowca I drużyny. Pracującą z Budowlanymi od 2002 roku Ewę Openchowską zastąpił jej dotychczasowy asystent Mariusz Soja. Pomimo zawirowań personalnych, drużyna ukończyła zmagania na 7. miejscu, które oznaczało konieczność walki o utrzymanie w turnieju barażowym. W nim „Budowlanki” zajęły drugą lokatę i pozostały w I lidze. Po sezonie 2008/2009 z dalszej współpracy zrezygnował dotychczasowy sponsor drużyny – przedsiębiorstwo Nesta. Fakt ten doprowadził do sytuacji, w której ze względów finansowych nie było pewne nawet samo zgłoszenie drużyny do rozgrywek. Ostatecznie zespół do ligi przystąpił, zajmując niespodziewanie 6. miejsce, które gwarantowało utrzymanie Torunia w I lidze. Wynik ten był wyrównaniem najlepszego rezultatu zespołu od wielu lat, jednak dalszemu rozwojowi na przeszkodzie po raz kolejny stanęły względy finansowe. Brak sponsora strategicznego przyczynił się do powstania w ciągu sezonu zadłużenia w wysokości 150 tys. złotych.