Był publicystą Naszego Dziennika, Radia Maryja, a także współpracował z Telewizją Trwam.
Uroczystości pogrzebowe księdza prof. Bajdy odbyły się 14 grudnia 2012 r. w bazylice św. Mikołaja w Bochni. Został pochowany na cmentarzu komunalnym przy ul. Orackiej w Bochni.
Praca naukowa W 1972 r. został zwolniony z obowiązków w diecezji tarnowskiej, aby podjąć pracę dydaktyczną i naukową w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W 1973 r. został adiunktem na tej uczelni. W 1980 roku na podstawie pracy Powołanie chrześcijańskie jako zasada teologii moralnej habilitował się na Akademii Teologii Katolickiej. W latach 1981–1992 był docentem, a w 1993 został profesorem ATK. W 1997 r. został kierownikiem Katedry Teologii Moralnej Małżeństwa i Rodziny w Instytucie Studiów nad Rodziną UKSW. Był członkiem Rady Naukowej Instytutu Jana Pawła II KUL i redakcji Kwartalnika "Ethos".
Kierunkami badań, jakimi się zajmował były biblijne podstawy powołania chrześcijańskiego oraz problematyka teologiczno-moralna małżeństwa i rodziny. Publikował w "Naszym Dzienniku" i "Mojej Rodzinie". Bronił suwerenności Polski m.in. w liście, jaki wystosował 6 maja 2008 roku do prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Odnosząc się do ratyfikacji traktatu reformującego Unię Europejską przestrzegał przed postawą neutralnościZmarł ks. prof. Jerzy Bajda.