Okupację przetrwał na Lubelszczyźnie, zaangażowany w działalność konspiracyjną. Jako saper zajmował się gromadzeniem i zabezpieczaniem broni, pozostałej po kampanii wrześniowej, a także wywiadem wojskowym, pod pozorem przedsiębiorstwa skupu wikliny oznaczając miejsca przepraw na Bugu. Z chwilą wyzwolenia Lublina ujawnił się.
Od 13 września 1944 roku do zakończenia wojny pełnił służbę w oddziale inżynieryjnym 2 Armii WP na stanowisku pomocnika szefa sztabu wojsk inżynieryjnychW monografii 2 Armii WP nazwisko Stanisława Jaxy-Rożena zostało zniekształcone „Jaxa Rozen”. Czy był to świadomy zabieg, czy też po prostu błąd redakcyjny? Podobna sytuacja nastąpiła w pracy Wacława Zaleskiego, gdzie podano "Rozen-Jaxa". Gdy na początku 1945 roku odnalazł w Kielcach swoją rodzinę (wysiedloną z Warszawy podczas powstania), był już majorem.
Po zakończeniu wojny został szefem Służby Inżynieryjnej Poznańskiego Okręgu Wojskowego. W 1946 roku kierował akcją przeciwpowodziową na Wiśle. W 1947 roku został przeniesiony do Oficerskiej Szkoły Wojsk Inżynieryjnych we Wrocławiu na stanowisko kierownika cyklu taktyki. W grudniu 1948 roku z powodu nazwiska i przedwojennego stopnia oficerskiego został w trybie nagłym zwolniony z wojska.