W 2009 otrzymał tytuł Prawnika Pro Bono nadany przez Fundację Uniwersyteckich Poradni Prawnych. Za swoją działalność w tym samym roku otrzymał też od „Gazety Prawnej” nagrodę Złoty Paragraf w kategorii adwokat oraz Nagrodę Tolerancji za działalność w dziedzinie ochrony praw człowieka, przyznaną mu przez porozumienie polskich, niemieckich, francuskich i hiszpańskich organizacji działających na rzecz praw gejów i lesbijek.
Zmarł wieczorem w środę 20 maja 2009 w szpitalu w Lublinie. Przyczyną śmierci była choroba nowotworowa. Został pochowany na cmentarzu przy ulicy Lipowej w Lublinie.
W maju 2010, w pierwszą rocznicę śmierci, założono Stowarzyszenie im. Prof. Zbigniewa Hołdy, którego celem jest podejmowanie działań na rzecz poszanowania praworządności, praw człowieka, rozwoju edukacji prawniczej, współdziałania różnych zawodów prawniczych oraz promocji pomocy prawnej pro publico bono. Stowarzyszenie od 2012 przyznaje co roku Nagrodę im. Prof.