Pod względem fizyczno-geograficznym osiedle leży w obrębie makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, w mezoregionie Kotlina Toruńska. Większa część osiedla znajduje się w mikroregionie Miasto Bydgoszcz Północne (taras dolny, 54 m n.p.m.), natomiast fragment leżący na południu, oddzielony Zboczem Bydgoskim należy do mikroregionu Miasto Bydgoszcz Południowe (taras górny, 69 m n.p.m.) i Terasa Łochowska (część południowo-zachodnia). Zachodnie rubieże osiedla leżące w pobliżu obwodnicy Bydgoszczy – drogi krajowej nr 10, należą do mikroregionu Dolina Kanału BydgoskiegoŚrodowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996.
Przez osiedle w zachodniej części (w niewielkiej dolince) przepływa Potok Prądy, na którym utworzone są stawy przepływowe. Natomiast w części wschodniej, na granicy z osiedlem Miedzyń przepływa Struga Młyńska. Cieki te uchodzą do Kanału Bydgoskiego.
Charakterystyka Osiedle Prądy jest obok Osowej Góry najdalej na zachód wysuniętą dzielnicą Bydgoszczy. Pod względem fizjograficznym położone jest na dwóch poziomach oddzielonych Zboczem Bydgoskim o wysokości względnej ok. 15 m. Na wschodnim krańcu osiedla (w okolicy Strugi Młyńskiej) i fragmentami nad Kanałem Bydgoskim występują zagajniki leśne.