Zwraca się w literaturze uwagę na to, że wychowaniem Giovanniego zajmowała się Lukrecja Borgia, córka papieża i siostra Cezara. Lukrecja w 1497 nawiązała romans z Pedrem Calderonem, papieskim pokojowcem. W lutym 1498 Calderon został utopiony w Tybrze na polecenie Cezara Borgii. Miesiąc później Lukrecja urodziła dziecko, będące owocem tego związku, które identyfikuje się z Infantem Rzymskim. Przemawiają za tym zbieżność dat narodzin dziecka Lukrecji i Giovanniego, fakt, że w późniejszym czasie Lukrecja troszczyła się o Infanta Rzymskiego oraz to, że Lukrecja – krótko przed swoim wyjazdem do Ferrary na początku 1501 – podzieliła swoje dobra między swojego syna Rodriga di Bisceglie i Giovanniego. Ta identyfikacja ma jedynie walor hipotezyM. Bellonci, Lukrecja Borgia, jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 280..
Co najmniej do 1508 Giovanni uchodził za syna Cezara. Najpóźniej w 1517 został oficjalnie uznany za syna Aleksandra VI.