Wywóz zbiorów do Rzymu organizowany był już od grudnia 1622 r. przez wysłańców papieskich oraz późniejszego bibliotekarza Biblioteki Watykańskiej Leo Allatiusa (1586-1669). Do Watykanu zabrano również wybrane egzemplarze ze zbiorów innych bibliotek w Heidelbergu, m.in. z prywatnej biblioteki książęcej, biblioteki uniwersyteckiej, kancelarii książęcej oraz prywatnych zbiorów Jana Grutera ostatniego bibliotekarza Bibliotheca Palatina.
W sierpniu 1623 r. Biblioteka Watykańska otrzymała 184 skrzynie z ok. 3.500 manuskryptów oraz 12.000 starodruków, w większości pozbawionych okładek, by zmniejszyć ciężar ładunkuAllatius miał zatrzymać dla siebie 12 skrzyń. Druki te zostały ponownie oprawione w XVII w. Ponieważ już Otto Henryk pooprawiał większość ksiąg, w zbiorach Palatiny rzadko trafiają się egzemplarze z oryginalną okładką sprzed 1550 r.
Zgodnie z postanowieniami traktatu z Tolentino (1797) papież podarował 37 manuskryptów Republice Francuskiej. Podarunek został zdeponowany w Bibliotece Narodowej w Paryżu. Na mocy ustaleń kongresu wiedeńskiego dotyczących zwrotu dzieł sztuki zagrabionych przez Francję, manuskrypty te zwrócono Niemcom a nie Rzymowi. W 1816 r.