Oficjalnie swoją działalność rozpoczęły 19 czerwca 2009, mając w posiadaniu cztery Boeingi 777-200LRF.
W maju 2011 Lufthansa Cargo otworzyła kolejny hub na międzynarodowym lotnisku Rajiv Gandhi w Hyderabad w Indiach, aby transportować towary wrażliwe na temperaturę, zwłaszcza farmaceutyki, między Azją Południowo-Wschodnią a Europą (i dalej do Stanów Zjednoczonych).
W 2019 heyworld GmbH została założona jako spółka zależna należąca w całości do Lufthansa Cargo, koncentrująca się na logistyce eCommerce. Firma i inna spółka zależna Lufthansy miały korzystać z operacji Airbus A321F.
We wrześniu 2020 Lufthansa Cargo potwierdziła, że wycofuje swoje pozostałe samoloty McDonnell Douglas MD-11F w 2021 pomimo rosnącego popytu na przewozy towarowe w następstwie pandemii COVID-19. Ostatni lot MD-11F odbył się 17 października 2021.
Flota Według stanu na kwiecień 2026 flota Lufthansa Cargo składała się z 12 samolotów dedykowanych do transportu cargo, o średnim wieku 8,9 lat: SamolotUwagiModelAktywneZamówioneBoeing 777F12–Boeing 777-8F –7Dostawa planowana w latach 2027-2030Łącznie129