W 2017 była jednym ze współinicjatorów utworzenia Muzeum Getta Warszawskiego, aczkolwiek minister kultury nie powołał jej ani do dyrekcji muzeum, ani do Rady MuzeumJoanna Podgórska, Jak powinno wyglądać muzeum getta warszawskiego, [w:] Polityka, 17 kwietnia 2018 [dostęp 2021-03-23]..
Obecnie Engelking jest wspólnie z Jackiem Leociakiem opiekunem naukowym galerii Zagłada, jednej z ośmiu tematycznych ekspozycji składających się na stałą wystawę w Muzeum Historii Żydów Polskich Polin. Pełni też funkcję zastępcy redaktora naczelnego czasopisma naukowego „Zagłada Żydów. Studia i Materiały”. Jest członkiem organów nadzorczych i kierowniczych fundacji, które wspierają działalność różnych instytucji badających martyrologię Żydów: Fundacji Instytutu Filozofii i Socjologii PAN, Fundacji Ośrodka Karta oraz Fundacji „Edukacyjne Centrum Żydowskie w Oświęcimiu”. Engelking pełni również funkcję skarbnika Stowarzyszenia Centrum Badań nad Zagładą ŻydówBarbara Teresa Engelking Boni, [w:] Krajowy Rejestr Sądowy, serwis Rejestr [dostęp 2021-03-23].. W 2025 stanęła na czele rady Państwowego Muzeum Auschwitz-Birkenau.