Jego rodzicami byli markiz Denia, Francisco Gómez de Sandoval y Zúñiga i Isabel de Borja y Castro, córka księcia Gandii.
Czasy panowania Filipa II to okres kiedy wszechwładni grandowie hiszpańscy stracili na znaczeniu mogąc liczyć jedynie, dzięki poparciu na dworze, na lukratywną posadę wicekróla, która i tak nie dawała im oczekiwanej władzy (nieufny Filip II starał się ją ograniczać wszelkimi dostępnymi środkami).
Młody Francisco Gómez, syn szlachecki, dzięki poparciu wuja otrzymał posadę na dworze jako posłaniec. Szybko zdobył sobie zaufanie i przyjaźń młodego następcy tronu Filipa, by wkrótce stać się oficjalnym preceptorem infanta. Jego kariera na dworze rozwijała się bardzo szybko. Od gentilhombre de cámara awansował w 1592 roku na gentilhombre de la casa del príncipe. Już wtedy dostrzeżono jego wielki wpływ na infanta, co niektórzy przewidujący doradcy Filipa II właściwie zinterpretowali i doradzili królowi odesłać Sandovala na jakiś czas z dworu – Filip II uczynił go wicekrólem Walencji (virrey de Valencia). Funkcję tę pełnił don Francisco przez dwa lata, by wkrótce po powrocie na dwór zyskać jeszcze na poparciu infanta i otrzymać urząd caballerizo mayor.