W marcu 2005 roku Gíslason ponownie zmienił klub. Przeniósł się znów do Norwegii, tym razem jednak do bardziej znaczącej drużyny niż poprzednio, Lyn Fotball. W swym pierwszym sezonie – 2005, rozegrał dwadzieścia pięć meczów i strzelił jedną bramkę w osiemdziesiątej ósmej minucie przegranego 2-3 meczu z Rosenborgiem BK 8 maja 2005– mecze ligi norweskiej 2005.. Jego zespół zajął wtedy trzecie miejsce w tabeli za klubami Vålerenga Fotball i IK Start.
Kolejny sezon, 2006, Stefán Gíslason również może zaliczyć do udanych, zagrał bowiem w kolejnych 25 spotkaniach, zdobywając trzy bramki. Jego zespołowi powiodło się gorzej niż w poprzednim sezonie, spadł on bowiem na siódme miejsce w tabeli, przegrywając jedenaście z dwudziestu sześciu spotkań– mecze ligi norweskiej 2006.. Jeśli zaś chodzi o mecze pucharowe, to drużyna z Oslo przegrała 1:2 mecz z Lillestrømem SK i nie przeszła czwartej rundy, po której następował awans do finałów. Islandczyk zagrał wtedy także w spotkaniach eliminacyjnych do Pucharu UEFA 2006/07 przeciw estońskiemu FC Flora Tallinn. Dwa razy padł remis, jednak drużyna z Tallinna zdobyła bramkę na wyjeździe, która dała jej awansMecz Lyn Fotball – Flora Tallinn na stronie Lyn Fotball.Mecz Flora Tallinn – Lyn Fotball na stronie Lyn Fotball..