Ułagaj został awansowany do stopnia generała majora. 27 lutego 1919 objął dowództwo II Korpusu Kawalerii Kozaków kubańskich (utworzonego na bazie 2 dywizji kawalerii), który został rozbity przez wojska bolszewickie pod Rostowem nad Donem. W czerwcu tego roku został dowódcą kawaleryjskiej grupy walczącej pod Carycynem, a w listopadzie – samodzielnej grupy kawaleryjskiej Kozaków kubańskich i dońskich w składzie korpusu gen. Konstantina K. Mamontowa, zniszczonej w grudniu w walkach na Donbasie. W styczniu 1920 r. w stopniu generała lejtnanta stanął na czele wojsk Kozaków kubańskich na zachodnim Kaukazie. Pod koniec marca tego roku przeszedł wraz z resztkami swoich oddziałów na Krym w rejon Tuapse-Soczi. Został przeniesiony do rezerwy oficerskiej do dyspozycji gen. Piotra N. Wrangla, pełniąc jednocześnie funkcję atamana wojskowego Kozaków kubańskich.
Przygotował plan operacji wysadzenia desantu na Kubaniu w rejonie Tamania. W tym celu pod koniec lipca objął dowództwo grupy desantowej kawalerii kozackiej liczącej ok. 14 tys. żołnierzy. Desantowała się ona na Kubaniu na wybrzeżu Morza Azowskiego, ale już we wrześniu została rozbita, a jej resztki wycofały się z powrotem na Krym. Generał S. G. Ułagaj został usunięty z armii białych, a w październiku 1920 ewakuował się wraz z wojskami do Gallipoli.