Upadek za Ajjubidów i mameluków W połowie XII w. władzę faktyczną w Egipcie sprawował wezyr Szawar, w imieniu nastoletniego kalifa fatymidzkiego, Al-Adida. W polityce zagranicznej manewrował między sojuszami z Nur ad-Dinem, muzułmańskim władcą Syrii, a krzyżowcami. W 1168 król Jerozolimy, Amalryk I, wkroczył do Egiptu i zajął Bilbajs, dokonując rzezi mieszkańców, po czym udał się na Al-Fustat. Kiedy krzyżowcy obozowali pod miastem i wysłali 18-letniemu wówczas kalifowi Al-Adidowi ultimatum, grożąc, że Al-Fustat może spotkać los Bilbajs, wezyr Szawar rozkazał je spalić. O przebiegu tamtych wydarzeń wiadomo m.in. z relacji Al-Makriziego, historyka z XIV-XV w. Po zniszczeniu Al-Fustat nadeszły posiłki od Nur ad-Dina, władcy Syrii, i siły Amalryka zostały wyparte z Egiptu. Z kolei kontrolę nad Egiptem zdobył sam Nur ad-Din, jego wybawca. Wezyr Szawar został stracony, a po wygaśnięciu Fatymidów władzę w Egipcie przejął podkomendny Nur ad-Dina, Szirkuh, po nim zaś jego bratanek, Saladyn, zapoczątkowując w 1171 dynastię sułtanów ajjubidzkich. Siedzibę władz przeniesiono ostatecznie do Kairu, porzucając Al-Fustat, stopniowo coraz bardziej podupadający. Za panowania mameluków (1250–1517) Al-Fustat stał się wielkim śmietniskiem, mimo że nadal zamieszkiwały tu tysiące ludzi;