Działalność Wilhelm Wagner jest autorem pomników oraz gmachów publicznych i prywatnych w Naumburg (Saale), Głogowie, Zielonej Górze (kościół Najświętszego Zbawiciela w Zielonej Górze), Neuenhagen, Eisenach, Gelsenkirchen, Brunszwiku i Berlinie. Był także jurorem licznych konkursów architektonicznych na północnych obszarach Dolnego Śląska. Sam także brał udział w licznych konkursach na gmachy użyteczności publicznej w różnych miastach niemieckich.
Spośród wielu kolejnych obszarów aktywności architekta istotną była funkcja architekta miejskiego Głogowa. Wilhelm Wagner przyczynił się do dynamicznego rozwoju urbanistycznego i architektonicznego miasta w latach 1907–1914, będącego konsekwencją zniesienia w 1903 statusu twierdzy i przejęcia przez władze miejskie obwarowań i umocnień blokujących dotąd rozbudowę tego ośrodka. Opracował szczegółowe plany zagospodarowania przestrzennego południowych i zachodnich odcinków dawnych obwarowań, programy zabudowy nowych obszarów miejskich i przedmieść.