W czasie buntu w Katalonii (od 1640) i francuskiej inwazji na ten region, był m.in. kapelanem wojsk Filipa IV wyzwalających Lleidę w 1646 r. Odznaczył się taką aktywnością i poświęceniem, że wdzięczni żołnierze nadali mu przydomek "ojca zwycięstwa" ("el Padre de la Victoria").
Pierwszą książkę, El Héroe, opublikował w 1637 r. Wszystkie jego dzieła, z wyjątkiem dotyczącego kwestii teologicznych El Comulgatorio zostały wydane bez zgody zwierzchników, co było sprzeczne z regułami panującymi w zakonie. Gracián podpisywał je imieniem jednego ze swych braci, Lorenzo, albo pseudonimem Garcia de Marlones, ale rzeczywiste autorstwo nie było dla nikogo tajemnicą. Kilkakrotnie miał z tego powodu nieprzyjemności, najpoważniejsze gdy wydał drukiem swe najobszerniejsze dzieło, El Criticón (pierwsza część w 1651, druga w 1653, trzecia w 1657 r.). Został wówczas poddany karze, która polegała m.in. na wygnaniu do Graus. Urażony niesprawiedliwą w jego opinii karą, prosił przełożonych o pozwolenie na opuszczenie zakonu, jednak wkrótce powierzono mu nowe, odpowiedzialne stanowisko. Zmarł w 1658 r.