Zerwał sojusz krajowych związków zawodowych z rządzącą partią ZANU-PF (Afrykański Narodowy Związek Zimbabwe – Front Patriotyczny). Z powodu wzmocnienia władzy i roli Tsvangiraiego w związku oraz rozrostu samego ruchu, stosunki z władzą i prezydentem Robertem Mugabe zaczęły się pogarszać. Tsvangirai padł ofiarą zastraszania i przemocy. Przeżył w tym czasie trzy próby zamachu, w tym jedną w 1997, kiedy nieznany sprawca wtargnął do jego biura na 10. piętrze i próbował wypchnąć go przez okno.
Działalność polityczna W 1997 współtworzył i stanął na czele pozarządowej organizacji, Narodowe Zgromadzenie Konstytucyjne (National Constitutional Assembly). Organizacja ta zrzeszała pojedynczych obywateli Zimbabwe, organizacje społeczne, związki zawodowe, studentów i organizacje młodzieżowe, organizacje kobiet, organizacje kościelne, środowiska biznesowe oraz organizacje broniące praw człowieka. Wszystkie te grupy w ramach wspólnej organizacji prowadziły kampanię na rzecz reformy konstytucyjnej i przestrzegania praw demokratycznych.
We wrześniu 1999 założył partię polityczną Ruch na rzecz Demokratycznej Zmiany (MDC, Movement for Democratic Change), sprzeciwiającą się dyktatorskiej władzy prezydenta Mugabe.