Kontynuując pracę w kierowanym przez Sosnowskiego Zakładzie Architektury Polskiej i Historii Sztuki na Wydziale Architektury na PW w roku 1937 zajął się historią parków i ogrodów, opracowywaniem programu dla planowanego w Młocinach centralnego parku etnograficznego a także urbanistyką i planistyką. W czerwcu 1939 poślubił Reginę Najder, pochodzącą z rodziny ziemiańskiej z zachodniej części USRR.
W czasie wojny obronnej służył w stopniu podporucznika w obronie przeciwlotniczej w Wilnie, skąd po przegranej wraca do Warszawy. W latach 1940–1944 żołnierz Armii Krajowej pod ps. Biała – rodowym zawołaniem rodu Ciołków. W czasie wojny uczestniczył w podziemnym nauczaniu na Politechnice Warszawskiej jako wykładowca urbanistyki i planowania ogrodów i w 1944 otrzymuje doktorat. Brał udział w powstaniu warszawskim – dowodził obroną Biblioteki Krasińskich, był szefem Referatu Kartograficznego, Oddział III (operacyjny), Okręg Warszawa AK oraz szefem zespołu architektów i pracowników wodno-kanalizacyjnych który opracował (w cztery dni, 6-9 sierpnia) projekt, plany i regulaminy używania kanałów kanalizacyjnych dla celów łączności dowodzenia. Po upadku powstania trafił do niemieckiej niewoli. Przebywał w Bergen-Belsen (Stalag XI-B), Gross-Born, Sandbostel i Lubece (Oflag X C), skąd został uwolniony przez brytyjskie wojska.