Popularna jest zwłaszcza w Japonii i rodzimych Stanach Zjednoczonych, gdzie miała ponad 130 wznowień.
Pomimo wielkiej popularności na całym świecie, książka bywa krytykowana w USA za śmiałość opisów „przebudzenia” seksualnego Charliego i była wielokrotnie wyrzucana z bibliotek szkolnych i programów nauczania. Zajmuje 47. miejsce na liście American Library Association książek najczęściej zakazywanych w latach 90.
W 1999, 40 lat po pierwszej publikacji opowiadania, w „The Magazine of Fantasy & Science Fiction” ukazał się tekst Daniela Keyesa Algernon, Charlie and I: A Writer’s Journey pokazujący historię tworzenia i publikacji powieści.
Adaptacje i nawiązania mały|Cliff Robertson jako Charlie Gordon i Mona Freeman w telewizyjnej adaptacji The Two Worlds of Charlie Gordon (1961) Utwór miał wiele adaptacji scenicznych, radiowych i filmowych w różnych krajach, m.in.: Charly (1968), w rolach głównych Cliff Robertson (Oscar dla najlepszego aktora pierwszoplanowego) i Claire Bloom, Złoty Glob za najlepszy scenariusz; Flowers for Algernon (2000), amerykański film telewizyjny, w rolach głównych Matthew Modine i Kelli Williams; Flower for Algernon (2002), japoński miniserial; Des fleurs pour Algernon (2014), francuski film telewizyjny; Kwiaty dla Algernona (1981), polski spektakl telewizyjnego Teatru Sensacji „Kobra”, reż.