Rok 1937 dał klubowi jedyne dotychczas poważne trofeum – Puchar Republiki Hiszpańskiej, inaczej zwany Pucharem Wolnej Hiszpanii, który rozgrywany był podczas hiszpańskiej wojny domowej. W finale, który odbył się 18 lipca, Levante pokonało Valencię CF 1:0. Pomimo starań władz klubu trofeum to nie zostało uznane przez Hiszpańską Federację Piłkarską za równorzędne z Pucharem Króla Hiszpanii.
Fuzja W 1939, kluby Levante i Gimnastic zmuszone zostały do dokonania fuzji. Boiska tych pierwszych zostały całkowicie zniszczone podczas wojny, z kolei Gimnastic stracił w wojnie większość piłkarzy. Połączona drużyna od tamtego momentu znana była jako Unión Deportiva Levante-Gimnástico, a później Levante Unión Deportiva i ta nazwa obowiązuje do dziś. Nowa ekipa swoje barwy domowe niebiesko-bordowe wzięła od barw Gimnastic, natomiast czarno-białe stroje wyjazdowe od dawnego Levante.
Primera División Levante na debiut w Primera División czekało do roku 1963. Wtedy to drużyna w grupie 2 drugiej ligi zajęła drugie miejsce, a w play-offach udało jej się pokonać 4:2 w dwumeczu Deportivo La Coruña. W swoim inauguracyjnym sezonie w najwyższej klasie rozgrywkowej Levante zdołało dwukrotnie pokonać Valencię.