6 listopada 1939 został aresztowany wraz z grupą krakowskich uczonych podczas akcji przeprowadzonej przez gestapo i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Po zwolnieniu, w lutym 1940, pracował w jednej z krakowskich aptek i Ubezpieczalni Społecznej. Po zakończeniu wojny ponownie został wykładowcą UJ, gdzie kilkakrotnie pełnił funkcję dziekana Wydziału Farmacji.

Od 1930 był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności, od 1952 członkiem korespondentem, od 1961 członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii NaukCzłonkowie PAN: Skorowidz. Był organizatorem i pierwszym kierownikiem Zakładu Farmakologii PAN (od 1954 do swojej śmierci pełnił stanowisko dyrektora). W latach 1938–1939 był doradcą naukowym Krakowskich Zakładów Farmaceutycznych „Polfa”.

Jego badania naukowe i współpraca z przemysłem farmaceutycznym doprowadziły do opracowania syntezy wielu nowych leków. Zajmował się głównie środkami przeciw gruźlicy, nowotworom, cukrzycy, antybiotykami. Dostarczył polskiemu lecznictwu m.in.