Po wybuchu II wojny światowej wyjechał z żoną do wsi Buda Stalowska k. Tarnobrzegu, gdzie jego syn Roman jr. kierował gospodarstwem rybackim, następnie do majątku hr. Tyszkiewicza Tarnawatka k. Tomaszowa Lubelskiego. Po powrocie do Krakowa, 6 listopada 1939 został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i do lutego 1940 był więźniem obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Po zwolnieniu z obozu 8 lutego 1940 rozpoczął pracę w Izbie Rolniczej w Krakowie, a rok później w Instytucie Rolniczym w Puławach. Zorganizował tam doświadczalną stadninę koników polskich.
W 1945 roku, w reaktywowanym Państwowym Instytucie Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach, stworzył Dział Hodowli Koni, natomiast na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej powołał do życia Katedrę Ogólnej Hodowli Zwierząt. Kierował nią przez 2 lata. W roku 1948 otrzymał godność Prezesa Honorowego Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego. W 1951 roku podjął dodatkowe zatrudnienie w dziale Hodowli Koni Instytutu Zootechniki w Krakowie. W 1952 roku został powołany na członka tytularnego Polskiej Akademii Nauk. W 1954 roku, na skutek doznania paraliżu, został zmuszony do rezygnacji z udziału w aktywnym życiu zawodowymNa drodze życia: pamiętnik profesora Romana Prawocheńskiego.