40 Eskadra Lotnictwa Taktycznego została powołana na podstawie Rozkazu Dowódcy WLOP Nr 0142 z dnia 23 sierpnia 1999 roku wyniku rozformowania 40. Pułku Lotnictwa Myśliwsko-Bombowego w miejscowości Świdwin. Funkcjonować zaczęła od 1 stycznia 2000 roku. Kontynuowała tradycje 40 Pułku Lotnictwa Myśliwsko-Bombowego, z którego wywodziła się większość pilotów i personelu technicznego.
Miejscem stacjonowania jednostki było lotnisko Świdwin. Organizacyjnie jednostka podlegała 1 Brygadzie Lotnictwa Taktycznego, przemianowanej później na 1 Skrzydło Lotnictwa Taktycznego.
1 lipca 2010 roku eskadra została przeformowana w 21 Bazę Lotnictwa Taktycznego.
Dowódcy eskadry Kpt.pil. Cezary Wasser (23.08.1999-01.09.2003) Mjr pil. Mirosław Tomaszewski (01.09.2003-04.02.2004) Mjr pil. Wojciech Maniewski (04.02.2004-01.07.2004) (pełnił obowiązki czasowo) Kpt.pil. Dariusz Maciąg (01.07.2004-02.10.2006) zginął tragicznie w katastrofie lotniczej samolotu CASA C295M w czasie lądowania na lotnisku w Mirosławcu Ppłk pil. Wojciech Maniewski (02.10.2006-23.01.2008) zginął tragicznie w katastrofie lotniczej samolotu CASA C295M w czasie lądowania na lotnisku w Mirosławcu Ppłk pil.