Program działań kompensacyjnych musi być uzgodniony z Komisją Europejską, Miejsce realizacji działań kompensacyjnych musi w wyniku tych działań uzyskać walory kwalifikujące do włączenia go do sieci Natura 2000 i musi być wyznaczone jako obszar Natura 2000.
Według stanowiska Krajowej Komisji ds. Ocen Oddziaływania na ŚrodowiskoStanowisko Krajowej Komisji ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko
Zgodnie z art. 75 ustawy Prawo Ochrony Środowiska kompensacja przyrodnicza może być realizowana tylko wówczas, gdy "ochrona elementów przyrodniczych nie jest możliwa".
Realizacja kompensacji przyrodniczej powinna zapewnić spójność i właściwe funkcjonowanie sieci obszarów Natura 2000.
Odrębnym zagadnieniem jest określone także w ustawie Prawo Ochrony Środowiska postępowanie kompensacyjne, realizowane w sytuacji, gdy przedsięwzięcie, wymagające wydania pozwolenia na wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza, planowane jest obszarze, na którym zostały przekroczone standardy jakości powietrza.