Został odwołany z misji, utracił również pozytywne stosunki z Robespierre’em. Ich wzajemnej wrogości nie zmniejszył entuzjazm, z jakim Collot współorganizował rozprawę z hebertystami i Dantonem. W maju 1794 został na niego przeprowadzony nieudany zamach, który stał się jedną z przyczyn wprowadzenia „wielkiego terroru” (Prawo prairiala).
Thermidor Czując się zagrożonym ze strony Robespierre’a, Collot razem z Billaudem-Varenne wziął w lipcu 1794 w czasie przewrotu 9 thermidora stronę termidorianów. Jego udział w przewrocie był kluczowy, gdyż to on był w tym dniu przewodniczącym obrad Konwentu i to on uniemożliwił Robespierre’owi obronę wobec stawianych mu zarzutów o działalność antypaństwową. Collot był również pomysłodawcą dekretu wyjmującego aresztowanych spod prawa i pozwalającego na ich zgilotynowanie bez sądu.
Obecność takiego ultraradykała w szeregach nie była jednak na rękę termidorianom, którzy już w tym samym roku oskarżyli Collota o to samo, co Robespierre’a i po sfingowanym procesie zesłali go do Gujany Francuskiej. Już po dwóch latach były rewolucjonista zapadł na żółtą febrę i zmarł, przed śmiercią podobno żałując swojej roli w obaleniu jakobinów.