Od 1984 do 1988 był zastępcą sekretarza generalnego Kuomintangu (KMT). W 1993 prezydent Lee Teng-hui mianował go ministrem sprawiedliwości. Jako minister sprawiedliwości, Ma sprzeciwił się zniesieniu artykułu 100 prawa karnego, pozwalającego na zatrzymywanie dysydentów przed zniesieniem stanu wojennego w 1987. Sprzeciwił się także reformie wprowadzającej bezpośredni wybór prezydenta Republiki Chińskiej. Poprzez swoje działanie zyskał w niektórych kręgach opinię przeciwnika pełnej demokracji. W czasie urzędowania jako minister, Ma walczył szczególnie mocno ze zjawiskiem korupcji, określanym na Tajwanie jako czarne złoto (pieniądze uzyskiwane dzięki czarnym, brudnym metodom). Urząd ministra przestał pełnić w 1996. Powrócił wówczas do działalności akademickiej i naukowej.
Burmistrz Tajpej thumb|left|230px|Ratusz w Tajpej, siedziba burmistrza Ma Ying-jeou 25 grudnia 1998 został burmistrzem Tajpej, pokonując w wyborach rywala z Demokratycznej Partii Postępowej, Chen Shui-biana, który ubiegał się o reelekcję.
W grudniu 2002 ponownie wygrał wybory burmistrza Tajpej zdobywając 64% głosów. Za jego rządów w mieście w 2003 wybuchła epidemia SARS, a w 2004 miała miejsce poważna powódź.