W związku z tym w internetowych dyskusjach zarzuca mu się manipulowanie dowodami i nierzetelne przedstawianie faktów.
Włodzimierz Bednarski opracował internetowe polemiki: o niedzieli z adwentystycznym teologiem Samuele Bacchiocchim i jego książką: Od soboty do niedzieli w publikacji Niedziela Dniem Pańskim chrześcijan oraz z wydanym w 2006 roku leksykonem Świadków Jehowy pt. Wnikliwe poznawanie Pism. Od 1989 do 2013 roku współpracował z katolickim ruchem „Effatha”, był też od 1990 współpracownikiem czasopisma „Effatha – Otwórz się!” (zamkniętego w roku 1997) i od roku 1998 zamkniętego w 2010 roku kwartalnika „Sekty i Fakty”. W 1989 roku stworzył pierwszą w Polsce poradnię religijną, zajmującą się problematyką sekt w ujęciu Kościoła katolickiegoW. Bednarski: Armagedon w 1975 roku „możliwy” czy „prawdopodobny”?, s. 153.. W latach 1989–1997 prelegent w Gdańskim Seminarium Duchownym nt. sekt i nowych ruchów religijnych.
Adwentyści na stronie „Apologetyka KADS” zarzucili mu manipulację i nierzetelne przedstawianie faktów. Bednarski ustosunkował się do tych zarzutówW. Bednarski, Czy adwentystyczny pastor S. Niedziński pisze prawdę, czy kłamliwie oskarża?