Szef resortu miał mocno ograniczone kompetencje kierowania wojskiem, poza formacjami „niefrontowymi”. Był natomiast odpowiedzialny przed Sejmem Ustawodawczym za funkcjonowanie wojska, realizował wytyczne rządu i Rady Obrony Państwa. Wojenna organizacja MSWojsk. obowiązywała do sierpnia 1921, kiedy to ukazał się rozkaz regulujący organizację naczelnych władz wojskowych na stopie pokojowej.
10 sierpnia 1921 minister spraw wojskowych wydał rozkaz L. 4900/Org. Pokojowa organizacja Ministerstwa Spraw Wojskowych. Przyjęta wówczas organizacja przetrwała z małymi zmianami do 1926.
19 sierpnia 1921 Rada Ministrów zatwierdziła statut organizacyjny Ministerstwa Spraw Wojskowych, zgodnie z którym władzą naczelną i źródłem decyzji dotyczących sił zbrojnych jest Ministerstwo Spraw Wojskowych.
Ministrowi spraw wojskowych podlegali bezpośrednio: szef Sztabu Generalnego, inspektorzy armii i broni, szef Wojskowej Kontroli Generalnej, szef Kierownictwa Marynarki Wojennej, szef Gabinetu M.S.Wojsk. oraz jednostki organizacyjne sił zbrojnych poprzez dowódców Okręgów Korpusów. W 1923 zostało utworzone stanowisko II wiceministra, któremu podporządkowano rodzaje broni i ich fachowe departamenty.