Działalność w Instytucie Głuchoniemych i Ociemniałych We wrześniu tegoż roku został mianowany nauczycielem religii i kapelanem Warszawskiego Instytutu Głuchoniemych i Ociemniałych. Od 1863 przez 22 lata pełnił funkcję wicedyrektora Instytutu, by w 1885 przejąć czasowo obowiązki dyrektora; ustąpił z kierownictwa wraz z początkiem roku szkolnego 1887/1888, kiedy władze powierzyły dyrekcję Rosjaninowi Michaiłowi Zieniecowi. Ks. Jagodziński pozostał prefektem w Instytucie, troszcząc się o jego los do końca życia, m.in. na miesiąc przed śmiercią w styczniu 1907 wystosował memoriał do petersburskiego ministerstwa oświaty w sprawie nowej ustawy o Instytucie. Pismo to wydrukował "Przegląd Katolicki", którego Jagodziński był wieloletnim redaktorem odpowiedzialnym (od 1878) i publicystą.
Godności kościelne W okresie poprzedzającym wybuch powstania styczniowego wspierał ruch narodowościowy składkami. Wiosną i latem 1865 pełnił czasowo obowiązki proboszcza kościoła Św. Aleksandra, w związku z aresztowaniem i internowaniem ks. Juliana Zdzitowieckiego.