grzybami wyższymi, mimo posiadania wici, nie jest podważane, więc obecnie jest ona znowu często wyłączana z protistów i włączana do grzybów właściwych. Podobieństwo między grzybami a pozostałymi protistami grzybopodobnymi, a także różnymi grupami tych ostatnich, wynika bardziej z przybliżonego trybu życia jaki prowadzą niż z ich pokrewieństwa genetycznego.
We współczesnych systemach taksonomicznych eukarionty dzielone są na sześć supergrup, a protisty grzybopodobne znaleźć można w kilku z nich. W związku z tym, przedstawiciele poszczególnych supergrup są bliżej spokrewnieni z niektórymi protistami określanymi jako roślinne lub zwierzęce niż między sobą. Nie są one też blisko spokrewnione z grzybami, z wyjątkiem tych grup, które obecnie zaliczane są raczej do grzybów, ale ze względu na jednokomórkową budowę, bywały też włączane do protistów.