Wtedy bowiem utworzono w państwie tureckim system millet, w którym patriarcha konstantynopolitański stał się głową rum millet („nacji prawosławnej”), sprawując władzę cywilną, a zwłaszcza fiskalną i finansową, nad wszystkimi wyznawcami prawosławia w Imperium Osmańskim. Ostatecznym skutkiem takiego układu sił stało się niemal całkowite podporządkowanie patriarchów Aleksandrii, Antiochii i Jerozolimy patriarchom Konstantynopola. W szczególności dotyczyło to hierarchii duchownej na tych terenach. Mimo że wierni byli Egipcjanami czy też Syryjczykami, mówiącymi po koptyjsku czy po aramejsku (później po arabsku), to nominowani przez Konstantynopol duchowni wszystkich szczebli (łącznie z patriarchami) byli Grekami i językiem tamtejszych Cerkwi był język grecki. Sytuacja ta prowadziła do konfliktów, szczególnie wyraźnych w Cerkwi antiocheńskiej.