Rośnie głównie w górskich lasach iglastych pod świerkami i sosnami, rzadziej w lasach mieszanych i liściastych pod bukami. Rośnie także pod brzozami i na bagnach. Pierre Neville i Serge Poumarat w opracowaniu „Amaniteae. Amanita, Limacella & Torrendia. Fungi Europaei vol. 9”, zgłaszają ten gatunek pod bukiem zwyczajnym (Fagus sylvatica), kasztanem jadalnym (Castanea sativa), sosną (Pinus), świerkiem pospolitym (Picea abies) i jodłą pospolitą (Abies alba).
Znaczenie Grzyb mikoryzowy. Dla ludzi jest śmiertelnie trujący. Trujące oligopeptydy występujące w muchomorze jadowitym (fallotoksyny i amatoksyny, głównie alfa-amanityna), są identyczne jak w muchomorze zielonawym. Trucizny te powodują nieodwracalne uszkodzenie wątroby.
Gatunki podobne Może być mylony z pieczarkami (Agaricus). U bardzo młodych pieczarek blaszki są białe, później jednak stają się różowe, a u starszych mają czekoladowy kolor, co odróżnia od siebie te grzyby. Tak więc niebezpieczeństwo pomylenia dotyczy tylko bardzo młodych pieczarek. Ponadto muchomor jadowity ma na bulwie trzonu ruchomą pochwę, której nie posiadają pieczarki. Bardzo podobny jest muchomor wiosenny (Amanita verna), jednakże ma on kapelusz czysto biały oraz gładki trzon.