W grudniu 1988 PPN i SW zawarły porozumienie o współpracy.

Osiągnięciem PPN było stworzenie Porozumienia Partii i Organizacji Niepodległościowych (maj 1987), które przez ponad dwa lata stanowiło forum współdziałania wszystkich ugrupowań niepodległościowych. Poza PPN były to: Organizacja Liberalnych Demokratów „Niepodległość”, Ruch Polityczny „Wyzwolenie”, Organizacja „Wolność – Sprawiedliwość – Niepodległość”, Unia Demokratów „Baza” i Grupa Polityczna „Samostanowienie”.

W swojej publicystyce i akcjach o charakterze zewnętrznym PPN ostro krytykowała „okrągły stół” widząc w nim akt zdrady ideałów Sierpnia 80. Z tych samych powodów ogłosiła bojkot wyborów w 1989 r.

Na terenie kraju ścisłą współpracę PPN nawiązała ze związkowymi opozycjonistami wobec Lecha Wałęsy skupionymi w Grupie Roboczej Komisji Krajowej „Solidarności” (Andrzej Gwiazda, Seweryn Jaworski, Marian Jurczyk, Jerzy Kropiwnicki, Andrzej Słowik). Działacze PPN uczestniczyli w pracach Grupy i prowadzili działania na rzecz demokratycznego wyboru władz reaktywowanego związku „Solidarność”.