W tej sytuacji twórcy przyszłej PPN, mimo liczebnej przewagi wśród uczestników Kongresu zdając sobie sprawę, że Leszek Moczulski nie pogodzi się z odebraniem mu przywództwa postanowili odejść. Nie zdecydowali się na rozłam w Konfederacji. Uznali, że będą prowadzić działalność w tworzonej od nowa innej organizacji w sposób zakonspirowany, przygotowując się na moment załamania się systemu komunistycznego, np. w formie strajku generalnego. Inicjatorami tego ruchu i założycielami PPN byli Zygmunt Goławski, Tadeusz Jandziszak, Maciej Pstrąg-Bieleński, Tadeusz Stański, Romuald Szeremietiew – do niedawna członkowie kierownictwa KPN.

Organizacja PPN była partią kadrową. Formułę jawną przyjęła w końcu lutego 1990, gdyż wtedy wystąpiono o sądową rejestrację PPN. Jej ówczesny stan liczebny był następujący: 729 członków (osoby płacące składki) i współpracujących z PPN około 12 tys. – według oceny władz partii. Organami naczelnymi PPN były Konwencja Krajowa będąca zjazdem delegatów i władzą najwyższą stronnictwa, a w okresie między kongresami partią kierowała Rada Naczelna i jej Prezydium.