do tej pory zrealizował ponad trzydzieści spektakli, w tym 11 inscenizacji dramatów Szekspira m.in. Hamleta w Tel Awiwie i Warszawie, Wieczór trzech króli w Stuttgarcie, Poskromienie złośnicy w Warszawie, Burzę w Stuttgarcie i Warszawie, Makbeta w Hanowerze. Drugim ważnym polem zainteresowań teatralnych Warlikowskiego jest dramat antyczny: ma na koncie m.in. głośne przedstawienia Elektry Sofoklesa i Bachantek Eurypidesa. Inscenizuje również dramaty współczesne, m.in. Bernarda-Marie Koltèsa i Sarah Kane. W 2005 roku wyreżyserował spektakl Krum Hanocha Levina (TR Warszawa w koprodukcji ze Starym Teatrem w Krakowie), który został doskonale przyjęty przez większość krytyków, odniósł też sukces na festiwalu teatralnym w Awinionie. W 2006 roku odbyła się premiera wyreżyserowanej przez Warlikowskiego Madame de Sade Yukio Mishimy w Tonnel Groep w Amsterdamie. Na początku 2007 Warlikowski przygotował inscenizację sztuki nagrodzonej Pulitzerem Anioły w Ameryce, autorstwa Tony’ego Kushnera, w przekładzie Jacka Poniedziałka i z nim w jednej z głównych ról.