Nowa religia tubylcza spotkała się z wrogim przyjęciem większości sąsiadujących z shakerystami białych Amerykanów. Podobnie, jak w przypadku Tańca Duchów, związane to było z niewiedzą białych na temat tubylczych kultur i religii oraz wynikającymi z nieporozumień nieuzasadnionymi podejrzeniami o przygotowywanie przez Indian zbrojnego powstania. Pod koniec XIX w. w USA na dłuższy czas zakazano większości tubylczych ceremonii i indiańskich ruchów religijnych, w tym działalności shakerystów. Aktywnych członków tego kościoła aresztowano i więziono, jednak modlitewne spotkania i ceremonie praktykowane były w różnych miejscach regionu w ukryciu.
W latach 60. i 70. XX w. w USA zaprzestano stopniowo prześladowania tubylczych religii, a wśród indiańskich shakerystów nastąpił rozłam. Grupa „konserwatystów” nadal odrzucała wszelkie pisma religijne, zaś grupa „reformatorów” postanowiła dopuścić posługiwanie się Biblią i innymi księgami o treści religijnej. Obecnie religia ta praktykowana jest przez niewielkie grupy tubylcze w stanach Kalifornia, Oregon i Waszyngton, a