W latach 80. XX w. rozpoczęto działania na rzecz zmniejszania uciążliwości przedsiębiorstwa dla środowiska naturalnego. Zbudowano m.in. oczyszczalnię ścieków przy linii produkcyjnej kaprolaktamu. W tym czasie do produkcji wdrożono pierwszy nawóz dwuskładnikowy - roztwór saletrzano-mocznikowy (RSM).
Okres III Rzeczypospolitej 1 września 1992 r. zakłady zostały przekształcone w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa i uzyskały nową nazwę - Zakłady Azotowe „Puławy” SA 14 listopada 1995 r. została uruchomiona linia produkcyjna nadtlenku wodoru. 15 grudnia 1998 r. zaczęła pracę instalacja wytwarzająca nadboran sodu. Dodatkowo wymieniano i modernizowano linie technologiczne mocznika i amoniaku.
W latach 2000–2004 uruchomiono dwie nowe linie produkcyjne melaminy we współpracy z firmą Eurotecnica, dzięki czemu zakład osiągnął 10% udział w światowej produkcji tego związku chemicznego.
Do 2005 r. właścicielem zakładu był Skarb Państwa, posiadający 99,99% akcji spółki. W 2005 r. firma została sprywatyzowana poprzez emisję akcji na Warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych, Skarb Państwa pozostał właścicielem pakietu kontrolnego.
30 października 2007 r. została ustanowiona Specjalna Strefa Ekonomiczna Starachowice. Na terenie Puławskiego Parku Przemysłowego utworzona została Podstrefa Puławy, na obszarze ok. 99 ha.