zbiory klisz znanych fotografów: Antoniego Pawlikowskiego, Józefa Kuczyńskiego, Stanisława Muchy i Stanisława Kolowcy, negatywy prezentujące zabytki Krakowa sprzed II wojny światowej oraz portrety fotograficzne profesorów krakowskich uczelni i innych wybitnych postaci. Kolekcja rzeźby – zbiory rzeźby średniowiecznej; rzeźby barokowe, w tym brązowe modele anatomiczne wykonane przez Pietro Francavillę oraz rzeźby z XIX i XX wieku, autorstwa m.in. Franciszka Wyspiańskiego, Konstantego Laszczki i Igora Mitoraja. Kolekcja grafiki (ok. 5000 sztuk) – obejmuje akwarele i rysunki artystów polskich oraz ryciny artystów polskich i zagranicznych z XV–XX wieku. Również największy w Polsce zbiór rysunków i grafik Feliksa Topolskiego oraz Adama Hoffmana. Kolekcja rzemiosła artystycznego (ok. 7000 obiektów) – wyroby złotnicze, tkaniny, ceramika, meble, naczynia cynowe, mosiężne, brązy złocone, insygnia rektorski w tym tzw. berło królowej Jadwigi. Kolekcja klocków drzeworytniczych (ok. 3000 obiektów) – m.in. klocki, z których odbijano w latach 1533–1534 drzeworyty w Biblii Wittenberskiej z 1534 roku.