Jego żona, Agata Marszałek, również była siatkarką, broniła też barw reprezentacji kraju. Ma dwóch synów – Iwa (ur. 1991) i Jakuba (ur. 1993) oraz córkę Sarę (ur. 2003). Synowie także trenują siatkówkę.
Grzegorz Wagner był radnym Bielska-Białej. Aktualnie jest dyrektorem Szkoły Mistrzostwa Sportowego w Szczyrku.
Kariera zawodnicza w piłce siatkowej Nazwisko Wagner wywarło duży wpływ na jego przygodę z siatkówką. Jako dziecko wybierał się z rodzicami na spotkania i zgrupowania. W pomieszczeniu treningowym spędzał około 10-12 godzin.
Kariera klubowa Skończywszy 15 lat, rozpoczął treningi w Legii Warszawa. Pierwsze kroki siatkarskie stawiał pod okiem trenera Wojciecha Rutkowskiego. Rok później został graczem warszawskiego MKS MDK, gdzie jego szkoleniowcem był Wojciech Góra. Barwy tego klubu bronił przez dwa sezony. W wieku 19 lat otrzymał szansę, jako senior, debiutu w najwyższej klasie ligowej. Grzegorzem Wagnerem zainteresował się klub z ekstraklasy, Resursa Łódź. Jego pierwszy sezon w tej lidze nie był dla klubu udany. Łodzianie w klasyfikacji generalnej uplasowali się na ostatniej pozycji. Po spadku łódzkiego zespołu do I ligi Wagner podpisał kontrakt na kolejny sezon z beniaminkiem ekstraklasy, Hutnikiem Kraków. W barwach krakowskiej drużyny sięgnął po pierwsze trofeum.