Leszek Werner, Julian Gembalski, Roman Perucki, Piotr Grajter, Andrzej Chorosiński, Wiktor Łyjak, , Marta Szoka, Gabriela Rzechowska-Klauza, Marietta Kruzel-Sosnowska, Stanisław Moryto, , , oraz .
Od 1991, kiedy po generalnym remoncie oddano do użytku organy główne kościoła świętych Janów, finansowanie festiwalu przejął Wydział Kultury Urzędu Miejskiego w Toruniu. Do 1997 festiwal gościł organistów z Polski, Hiszpanii, Niemiec, Szwecji, Wielkiej Brytanii oraz Stanów Zjednoczonych, którzy wykonali łącznie, podczas 11 edycji, 65 koncertów. Od 1996 do 2001 dyrektorem artystycznym festiwalu był prof. Roman Grucza. W 2002 stanowisko to objął ks. dr Mariusz Klimek.
W 2005 festiwal, po raz pierwszy w swojej historii, zorganizowany został również poza placówką macierzystą w kościele świętych Janów: w toruńskich kościele akademickim i kościele Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny Kowalskiej oraz poza Toruniem, w grudziądzkiej farze. Repertuar, również po raz pierwszy w historii, rozszerzono: do muzyki organowej dołączono muzykę wokalno-instrumentalną i wokalną (występy chórów „Tibi Domine” oraz grudziądzkiego „Alla Camera”).
W latach 2013–2016 dyrektorem artystycznym był ks. Czesław Grajkowski;