Początkowo Jerzy Fedorowski kierował filią Instytutu Paleobiologii w Poznaniu, którą w 1976 roku przejął Uniwersytet Poznański. W latach 1987–1988 reaktywował studia geologiczne i paleontologiczne na UAM. Wieloletni kierownik utworzonego przez niego Zakładu Paleontologii i Stratygrafii na Wydziale Nauk Geograficznych i Geologicznych UAM.
Jego głównym obszarem badawczym są koralowce paleozoiku, a szczególnie rząd Rugosa.
Dyrektor projektu budowy Uniwersyteckiego Parku Historii Ziemi.
Wybrane prace The Upper Palaeozoic tetracoral genera Lophophyllidium and Timorphyllum. Palaeontology, 17:441-473, 1974. Permian rugose corals from Timor (Remarks on Schouppe and Stacul's collections and publications from 1955 and 1959). Palaeontographica Abt. A, 191:173-226, 1986. Upper Palaeozoic rugose corals from southwestern Texas and adjacent areas: Gaptank Formation and Wolfcampian corals, pt. 1. Palaeontologia Polonica, 48:3-271, 1987. Extinction of Rugosa and Tabulata near the Permian/Triassic boundary.